La clausola penale che viene inserita all’interno del contratto di locazione, essendo collegata al contratto, non è soggetta ad autonoma imposta di registro. L’invalidità o l’inefficacia del contratto di locazione, infatti, travolge anche la clausola penale ivi contenuta, con la conseguente applicazione dell’articolo 21, comma 2, del D.P.R 131/1986 (cd. Testo Unico dell’Imposta di Registro) secondo cui “Se le disposizioni contenute nell’atto derivano necessariamente, per la loro intrinseca natura, le une dalle altre, l’imposta si applica come se l’atto contenesse la sola disposizione che dà luogo alla imposizione più onerosa” in luogo del combinato disposto di cui agli articoli 21, comma 1 e 27 del T.U.R.